御祭神の高龗大神（たかおかみのおおかみ）は龍神にて水、雨を掌る大神で、祈雨・止雨の神として、奈良時代（763年）の淳仁天皇の奉幣祈晴をはじめ、応仁の乱（1467～77）の頃までに96回の奉幣祈願がなされ、朝廷・国家また人々より篤い崇敬を受けてきた。

朝廷の奉幣にあたり旱魃の際の祈雨には黒毛の馬を、長雨の際の止雨には白毛の馬を奉るを例とした。

平安時代の「延喜式」（927年）では、名神大社という特に霊験あらたかな神社として月次、新嘗祭に際し官幣に預かり雨師社・雨師明神・丹生大明神とも称され、また平安中期以降には朝廷における最高の社格となる「二十二社」の一つに数えられた。