延喜式内社の「飛鳥坐神社四座」に比定される。境内に本社、中之社をはじめ、式内社である飛鳥山口坐神社や八幡神社など48の末社がある。

二月第一日曜日に行われる「おんだ祭」は、豊年を予祝する夫婦和合の神事として名高い。